Para as edições de linha única, você pode usar
sed -e "s/^bantime = .*/bantime = /"
ou, mais resilientemente
sed -re "s/^bantime[[:blank:]]*=.*/bantime = /"
Para o problema de várias linhas, use seletores de linha para delimitar suas edições
sed -re "/^\[ssh\]$/,/^\[/s/port[[:blank:]]*=.*/port = /"