Eu não sei exatamente por que, mas a resposta de Renan não funcionou bem para mim. O KVM me disse que não conseguiu encontrar uma unidade inicializável (apesar da partição usb estar marcada como tal).
No entanto, encontrei outra solução. Obtenha o VendorID do dispositivo USB: ProductID com lsusb. Exemplo:
$ lsusb
...
Bus 002 Device 007: ID 0781:5406 SanDisk Corp. Cruzer Micro U3
Passe isso para o KVM e solicite o menu de inicialização:
sudo kvm -m 512 -smp 1 -drive file=/path/to/hardisk/file.img -usb \
-usbdevice host:0781:5406 -boot menu=on
Pressione F12 para o menu, escolha o dispositivo usb, ele funciona. Provavelmente existe uma maneira de comandar o boot usb sem precisar chamar o menu de boot, mas eu não encontrei nenhum no kvm man.