A versão mais recente do Ubuntu, 13.04, possui uma versão mac da mídia de instalação. É de 64 bits e deve funcionar melhor do que apenas uma versão padrão do Ubuntu. Clique aqui para ver a lista de downloads para o Ubuntu 13.04. Baixe o que diz amd64 + mac.
Existem vários guias que eu sugeri usando o rEFIt ou o rEFInd para gerenciar a inicialização EFI em Macbooks, no entanto, tive sucesso apenas com a versão 13.04 amd64 + mac sem qualquer outro software ou configuração necessária.