Ctrl + C envia um SIGINT para o programa. Isso informa ao programa que você deseja interromper (e finalizar) o processo. A maioria dos programas captura isso corretamente e sai corretamente. Então, sim, essa é uma maneira "correta" de encerrar a maioria dos programas.
Existem outros atalhos de teclado para enviar outros sinais aos programas, mas isso é o mais comum.