Se você estiver operando no nível X (como na pergunta de Gilles), use xdotool da seguinte forma:
xdotool key KEYSTROKE_SPECIFIER
Onde KEYSTROKE_SPECIFIER pode ser algo como "a" ou "F2" ou "control + j"
EDIT: Eu senti falta da sua resposta à pergunta de Gilles, desculpe. Deixarei esta resposta aqui como uma solução para o caso X.