Você pode usar um procedimento em duas etapas e, em primeiro lugar, usar o comando clonemedium para criar uma imagem VDI:
VBoxManage clonemedium disk aaaa.vmdk aaaa.vdi --format VDI
(Veja também outras opções para clonemedium , como --variant . Para ler a ajuda, basta executar VBoxManage | less ou visitar link ).
Quando tiver o arquivo .vdi , você poderá prosseguir com suas modificações.