Olhando o código-fonte do patch GNU, este comportamento é construído desde a versão 2.7. A partir do GNU patch 2.7.1, somente caminhos relativos que não contenham ..
são aceitos, a menos que o diretório atual seja o diretório raiz.
Para aplicar um patch contendo caminhos absolutos, você pode usar
(cd / && sudo patch -p0) <foo.patch
Em versões recentes do patch GNU, você pode simplesmente
sudo patch -d/ -p0 <foo.patch