Existem programas como Bootchart que pode ser usado para mostrar quais programas você executou durante a inicialização - provavelmente você pode mantê-lo funcionando após a inicialização para ver o que foi invocado durante um sessão.
Uma solução melhor pode ser usar ferramentas de remasterização.
Existem ferramentas de remasterização para o Fedora , Ubuntu e outros; você pode usá-los para personalizar uma distribuição.
Você pode querer olhar para Tiny Core Linux . Há um cara trabalhando em um script de remasterização para isso também.