Não tenho certeza sobre vídeos Flash incorporados arbitrários, mas, no YouTube, costumava usar esta Extensão do Chrome que substitui o Flash player por um player VLC. A reprodução é muito mais suave.
Infelizmente esta extensão não está funcionando no momento, não até que o VLC conserte seu script Lua. Então, agora eu uso este , que basicamente enfileira o vídeo selecionado do YouTube no meu atual fila no VLC (ele precisa estar em execução ou a extensão falhará). Provavelmente, você pode experimentar players Flash alternativos, como gnash ou qualquer outra coisa, mas eles não melhoram muito. E as pessoas dizem que ainda não são confiáveis.