Com o Upstart, a configuração do serviço está nos arquivos em /etc/init/
. Por exemplo, o ssh é controlado usando um arquivo de configuração /etc/init/ssh.conf
Este arquivo especifica os "eventos" que solicitarão ao Upstart para iniciar o "trabalho".
Para evitar que um serviço seja iniciado automaticamente, um dos vários métodos pode ser usado:
a) Renomeie o arquivo service.conf para que ele não termine com .conf
b) Comente a linha "start on" do arquivo service.conf.
Em versões mais recentes do upstart (desde a v1.3, pelo menos), você também pode substituir o início na linha usando um arquivo service.override, para que você possa usar:
# echo manual > /etc/init/service.override
Por fim, você também pode adicionar a palavra-chave "manual" ao final do arquivo de configuração do serviço, por exemplo: via%:# echo manual >> /etc/init/service.conf
Observe que isso não "interrompe" o serviço em execução, apenas impede que ele seja iniciado automaticamente. Enquanto configurado para inicialização "manual", você controla o serviço usando initctl, por exemplo, para parar e iniciar o daemon SSH:
# initctl stop ssh
# initctl start ssh
Indiscutivelmente, a melhor documentação para o Upstart está no link
A seção 11.44 aborda "desativando um serviço a partir da inicialização automática, aqui: link