Seu truque . só pode ser usado quando você copia um diretório, não um arquivo. A opção -T funciona com diretórios e arquivos. Se você fizer:
cp srcfile destfile
e já existe um diretório chamado destfile que copia para destfile/srcfile , o que pode não ser o objetivo. Então você usa
cp -T srcfile destfile
e você recebe corretamente o erro:
cp: cannot overwrite directory 'destfile' with non-directory
Se você tentou usar o método . , a cópia nunca funcionaria:
cp: cannot stat 'srcfile/.': Not a directory