Use o rsync com a opção - parcial
rsync -av --partial sourcedir user@desthost:/destinationdir
O --partial manterá os arquivos parcialmente transferidos. Quando você retomar a transferência de rsync após uma conexão interrompida ssh, os arquivos parcialmente transferidos serão reiniciados a partir do ponto em que a conexão ssh foi perdida, e os arquivos transferidos com sucesso não serão transferidos novamente.
Considere também passar a opção -z se você acredita que o (s) arquivo (s) que está transferindo pode ser compactado significativamente; por exemplo, arquivos de log compostos de texto repetido.