Eu não sei que limitar a CPU a todo o sistema é algo que é possível sem muito hacking, mas você pode facilmente limitar a quantidade de CPU usada por um único processo usando cpulimit
A única maneira que posso pensar em você ser capaz de usar isso de forma eficaz é escrever um script wrapper (não pode realmente chamá-lo de script, é tão pequeno) para os aplicativos que você sabe que são porcos de recurso. Digamos, por exemplo, você acha que o google-chrome usa muita CPU, você poderia substituir o binário do google-chrome em seu caminho com algo como:
#! /bin/bash
cpulimit --limit 70 /usr/bin/google-chrome-bin
Eu não testei isso, então pegue com um grão de sal. No site do cpulimit, parece que você pode definir regras para limites de CPU em diferentes aplicativos. Não tenho certeza, você teria que dar uma olhada.