O algoritmo de verificação rápida considerará como modificado qualquer arquivo que tenha horário de modificação diferente ou tamanho diferente. Portanto, se o seu diretório de destino tiver uma versão mais recente do mesmo arquivo, ele será considerado diferente e será sincronizado com a versão de origem.
Esse é o comportamento esperado (e mais seguro). Por exemplo, vamos supor que você tenha dois diretórios, ~ / src e ~ / dest, cada um com um arquivo foobar. Em ~ / src / foobar você escreve "foo", e depois em ~ / dest / foobar você escreve "bar". Agora você rsync ~ / src para ~ / dest. O que você esperaria?
Ambos os arquivos têm o mesmo tamanho, mas o de ~ / dest é mais novo. O comportamento padrão do Rsync é substituir ~ / dest / foobar por ~ / src / foobar. É claro, os arquivos podem ser idênticos e seriam desnecessários, mas não há como saber isso, a menos que você faça uma soma de verificação ou compare um bit por bit.
Se você não quiser esse comportamento, ou seja, quiser que arquivos mais recentes no receptor sejam preservados, você terá que usar o sinalizador -u (--update).
-u, --update This forces rsync to skip any files which exist on the destination and have a modified time that is newer than the source file. (If an existing destination file has a modification time equal to the source file’s, it will be updated if the sizes are different.)