O objetivo é economizar muito tráfego.
O tarball do Linux tem cerca de 75MB, enquanto os patches geralmente têm apenas alguns KB.
Então, se você compilar seu próprio kernel e atualizar para cada nova versão secundária no dia em que for lançado, em vez de fazer o download de um novo tarball de 75MB para cada atualização menor, basta baixar (por exemplo) o tarball principal de uma determinada versão uma vez e, em seguida, o patch para a versão que você realmente quer. Quando há uma atualização, você reutiliza o tarball principal já baixado.
linux-3.14.tar.xz
+ patch-3.14.{1..n}.xz
está abaixo de 100 MB no total.
linux-3.14.tar.xz
+ linux-3.14.{1..n}.tar.xz
é várias vezes 100MB.
Não há desvantagem no patch, o resultado final é idêntico, a menos que você faça algo errado.