No Unix, quase tudo é um arquivo. Um diretório é um tipo especial de arquivo que, da perspectiva do usuário, pode "conter" outros arquivos.
O erro Not a directory
ocorre porque o arquivo existente não é um diretório e, como um diretório é um tipo de arquivo, e não pode haver dois arquivos com nome idêntico em um diretório, a operação não pode ser executada.