'root' é tradicionalmente o nome dado à conta do usuário com direitos de nível de superusuário. A esse respeito, eles são um e o mesmo, embora não haja nenhuma regra que eu saiba que diz que a conta do superusuário deve ser chamada de raiz.
Pode ser que a conta tenha sido chamada de 'root' devido em parte ao fato de que apenas o superusuário tem permissão de escrita para o diretório raiz (/)
A conta de Administrador do Windows é não análogo à conta de superusuário do Unix, pois há restrições sobre o que um administrador do Windows pode fazer. O análogo para root em sistemas operacionais baseados no Windows NT é a conta SYSTEM, que não pode ser usada por um usuário interativo.