Descobri que o notmuch-mutt tem parte do comportamento que estou procurando para. Ele define uma macro que examina os ids de mensagem e pode criar uma pasta virtual para mostrar uma conversa segmentada inteira, independentemente de onde cada mensagem esteja. Fora da caixa, só funciona nos resultados da pesquisa. Não tenho certeza se o mesmo comportamento pode ser aplicado a caixas de correio comuns.