Nunca vai fazer muita diferença, mas compactar o arquivo antes de copiá-lo deve ser um pouco menos eficiente, pois usar um formato de contêiner como zip que pode encapsular vários arquivos (como tar ) é desnecessário e não é possível fazer stream de entrada e saída zip (assim você precisa de um arquivo temporário).
Usar gzip , por outro lado, em vez de zip deve ser exatamente o mesmo, pois é o que ssh -C faz sob o capô ... exceto que gzipar é mais trabalho do que usar ssh -C .