Há algumas partes conflitantes aqui. O comentário sobre ser capaz de fazer o que você quer é verdade, mas também fará muito mais trabalho para você no longo prazo.
Se você tem alguma ideia sobre rearranjar qualquer coisa fora do seu diretório pessoal, pare ! Isso é muito mais complicado do que você pensa e você deve deixar isso em paz. Se você não gostar, você deve mudar para uma distribuição diferente ou mesmo sistema operacional. Se ninguém se adequar a você, você precisará criar o seu próprio, mas não pode simplesmente mover os diretórios do sistema sem se queimar. Veja esta pergunta para ter uma ideia do que aconteceria se você quisesse seguir esse caminho.
Então, estamos no seu diretório inicial.
Antes de mais nada, lembre-se como você pensa em uma estrutura que as permissões são hierárquicas. Para que alguém tenha permissões em uma determinada pasta, elas precisam ter pelo menos permissões de execução em cada pasta ACIMA daquela pasta. Se você tem alguma coisa em seu diretório inicial que você compartilha, ele precisa estar perto do topo (por exemplo, ~ / Music), qualquer coisa que você queira restringir deve estar em subpastas com permissões limitadas (por exemplo, ~ / .ssh / id_rsa). p>
Em segundo lugar, não há regras ou até mesmo melhores práticas por si, mas existem convenções. Muitos softwares usam valores padrão que você pode ou não ser capaz de alterar, mas mesmo quando você pode alterá-los, é incômodo ter que fazer isso constantemente. O Gnome, e particularmente as coisas do Ubuntu, gosta de pastas com nomes legais começando com maiúsculas. Se você tentar mover "Downloads" para "downloads", verá que o original provavelmente será criado novamente por algum tempo por algum programa com um padrão assumido. Você terá que decidir quanto nadar contra a maré que você quer fazer nesses casos.