O Ubuntu foi pioneiro em "indicadores" em vez de "ícones da bandeja do sistema", como eram antes, para resolver esse problema. Agora há um número limitado de indicadores baseados em função, e cada indicador pode representar vários aplicativos.
Exemplos: o indicador de som controla o volume do seu sistema e também o seu reprodutor de música; o indicador de mensagens interage com mensagens instantâneas, email e microblogging.
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No entanto, isso é realmente para desenvolvedores. Não tenho conhecimento de nenhum mecanismo que permita aos usuários recolher vários ícones da bandeja do sistema sem fazer com que um desenvolvedor altere o programa. Talvez outra pessoa tenha uma resposta para isso.