Sim, eu também tive esse problema. Muito chato.
Tente isto: link
Clicar com o botão esquerdo no ícone de um aplicativo em execução no painel de favoritos do GNOME 3 focaliza o foco em uma instância em execução desse programa. Clicar com o botão direito abre um menu com a opção "Nova janela". Existe uma maneira de fazer com que o comportamento padrão? Eu principalmente uso os favoritos para o lançamento de novos terminais.