O fato de o netstat mostrar apenas o tcp6 aqui não é o problema. Se você não especificar um endereço para escutar, o apache escutará todas as famílias de endereços suportadas usando um único soquete (por motivos de design, o sshd usa um soquete exclusivo por endereço e família de endereços, portanto, mostrando duas vezes em sua saída netstat) .
Aqui está um dos meus sistemas, mostrando o apache tendo apenas soquetes tcp6, e ainda funcionando bem via IPv4 e IPv6.
woodpecker ~ # netstat -anp |grep apache
tcp6 0 0 :::80 :::* LISTEN 1637/apache2
tcp6 0 0 :::443 :::* LISTEN 1637/apache2
woodpecker ~ # wget http://127.0.0.1/ -O /dev/null
--2013-12-25 08:52:38-- http://127.0.0.1/
Connecting to 127.0.0.1:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 45 [text/html]
...
# wget http://[::1]/ -O /dev/null
--2013-12-25 08:53:00-- http://[::1]/
Connecting to [::1]:80... connected.
HTTP request sent, awaiting response... 200 OK
Length: 45 [text/html]
...
Se você executar wget http://127.0.0.1/ -O -
no servidor, o que acontece? Ele se conecta com sucesso? Ele retorna o HTML bruto para seu website como esperado?