Verifique a presença e os direitos de ~ / .viminfo. Normalmente é isso que mantém o histórico de comandos, posições de edição de arquivos, etc. Um caso possível é que esse arquivo pertence ao root.
Em outras distros que eu executei, o vim lembra seu histórico de comandos, mesmo entre as sessões; isso é especialmente útil quando se faz muitas operações similares em arquivos diferentes.
Por algum motivo, ele foi liberado no Ubuntu 12.04 e não consigo entender por quê. Aqui está o meu :set
info:
:set
--- Options ---
background=dark helplang=en history=1000 nomodeline scroll=27 showmatch ttyfast
expandtab hidden incsearch ruler showcmd softtabstop=4 ttymouse=xterm2
backspace=indent,eol,start
fileencoding=utf-8
fileencodings=ucs-bom,utf-8,default,latin1
printoptions=paper:letter
runtimepath=~/.vim,/var/lib/vim/addons,/usr/share/vim/vimfiles,/usr/share/vim/vim73,/usr/share/vim/vimfiles/after,/var/lib/vim/addons/after,~/.vim/after
suffixes=.bak,~,.swp,.o,.info,.aux,.log,.dvi,.bbl,.blg,.brf,.cb,.ind,.idx,.ilg,.inx,.out,.toc
Tags vim command-history