Você pode reproduzir sua captura de transcrita e codificar a região da tela correspondente usando algo como:
ffmpeg -y -f x11grab -s 100x100 -i :0.0+100,100 -pix_fmt rgb24 -r 5 Desktop/capture.gif
-y
sobrescreve a saída (mais útil ao testar)
-f x11grab
força o formato a x11grab
-s 100x100
de vídeo capturado é 100 x 100
-i :0.0+100,100
canto superior esquerdo está na tela 0 do servidor 0 no pixel 100,100
-pix_fmt rgb24
força 24 bpp na entrada (AFAIK, necessário para o codificador GIF)
-r 5
5 fps
E Desktop/capture.gif
é o meu arquivo capturado.
Espero que ajude.
Apenas uma nota: às vezes, o ffmpeg que vem dos repositórios de distro não tem todos os recursos que você pode desejar. Se for esse o caso, você precisará construí-lo você mesmo (ou encontrar um repositório que carregue um binário mais completo). No meu exemplo eu usei um arquivo ffmpeg das reprises do Ubuntu.