A maioria dos pacotes terá um <package>-dev (para o Debian) ou <package>-devel (para o Red Hat) que serão as bibliotecas necessárias para o link para construção.
Então, por exemplo, se a fonte disser que requer libxml , nos sistemas baseados em Debian você encontrará libxml2 e libxml2-dev (use apt-cache search <dependancy> para encontrá-los).
Você precisará do libxml2-dev para criá-lo e libxml2 para executá-lo.
A etapa ./configure geralmente suporta sinalizadores como --with-libxml=/usr/lib/ para apontá-la nas bibliotecas corretas ( ./configure --help deve listar todas as opções). Ele também geralmente suporta a mudança do local de instalação com --prefix=$HOME/sw . Usar um prefixo fora do controle do gerenciador de pacotes é a melhor maneira de evitar conflitos com o software instalado pelo gerenciador de pacotes.
No Debian & derivadas usando --prefix de /usr/local/ ou /opt/local/ devem ser seguras.
Se uma biblioteca (ou versão) que você precisa não estiver disponível no gerenciador de pacotes, apenas baixe a fonte e compile-a usando opções similares. O mais importante é usar um --prefix fora do seu gerenciador de pacotes e ao compilar o software que você realmente deseja usar --with-<library>=/<path/to/installed/library> .