Para alterar o gerenciador de arquivos padrão, você pode editar o arquivo ~/.local/share/applications/mimeapps.list
Não sei como especificar o thunar mas usar o nemo sobre o nautilus Eu faço isso:
thomas@localhost ~> cat .local/share/applications/mimeapps.list
[Added Associations]
inode/directory=nemo.desktop;
Além disso, se você está curioso para saber porque o gerenciador de arquivos errado foi iniciado, se você clicar em um ícone de pasta, verifique o comando real que o iniciador inicia.
Depois de resolver os problemas (veja os comentários), você também precisa procurar no arquivo
/usr/share/applications/mimeinfo.cache
lá você pode alterar o gerenciador de arquivos também:
inode/directory=nautilus.desktop
inode/directory=nemo.desktop