Eu uso scp
.
scp source desthost:/path/to/dest/.
para copiar da máquina local para a máquina remota ou
scp srchost:/path/to/file/file .
para copiar de uma máquina remota para a máquina local.
Se o nome de usuário não for o mesmo na máquina remota,
scp user@srchost:/path/to/file/file .