Essa mesma coisa está acontecendo comigo no Ubuntu 12.10, toda vez que eu fecho meu laptop.
Uma solução é apt-get install compizconfig-settings-manager
, execute ccsm
na linha de comando, ative Window Management -> Put
e configure um atalho de teclado para put_next_output_key
. Dessa forma, assim que você abrir seu laptop, você poderá mover a janela de volta à sua posição original.
Isso também redimensionará a janela de uma tela grande para uma tela menor, o que evita outro bug no Ubuntu 12.04 e 12.10 de não conseguir arrastar e encaixar uma janela de uma altura maior em um monitor que tem uma altura menor