Atualmente, o journalctl pode detectar logs corrompidos, mas não possui o comando "fsck" para tentar reparar. O journald mudará automaticamente para um novo arquivo "limpo" assim que detectar o problema, portanto, teoricamente, a perda de dados deve ser mínima.
Até que haja um comando de reparo de arquivo, encontrar o arquivo de diário corrompido e removê-lo é a única cura. Você pode encontrar mais sobre isso em nosso mega-thread do Fedora sobre criação de registro somente em diário o padrão:
For tail corruptions your normal journalctl tool will provide you with as much information as is possible to salvage from the file. It will output the last complete log line and then finish. This is pretty close to how good you can get.
Things are different for corruptions in the middle. We have no nice tool for salvaging data from such corruption, but they could be written relatively easily. However, since they are highly unlikely due to the "append-only" model of the journal this hasn't been on our TODO list.
Claro, se você puder identificar o que causou o problema inicialmente e denunciá-lo, seria bom.