Ao examinar o código-fonte, descubro que:
Se você não especificou -n ou -w, os badblocks não gravam no disco, então é seguro interrompê-lo.
Se você especificou -w, os badblocks já sobrescreveram o sistema de arquivos, então é muito tarde para se preocupar em interromper o processo.
Se você especificou -n, os badblocks usam um manipulador de sinal para impedir que o programa saia com o disco em um estado inconsistente, portanto, é seguro pressionar ctrl-c.