Não, cada kernel implementa seus próprios recursos à sua maneira. Há uma grande quantidade de compatibilidade POSIX, mas uma vez que você sai disso, os executáveis precisam ser compilados com os mecanismos do kernel já em vigor. Muitos projetos contêm código-fonte que só é compilado se você diz explicitamente que está compilando para o FreeBSD ou Linux. Isso é essencialmente o que o kFreeBSD é. As ferramentas suportam o kernel do FreeBSD, mas elas precisam ser compiladas para ele.
Por exemplo, se você tentar usar epoll_create
no FreeBSD, as coisas não funcionarão como esperado.
Naturalmente, você pode cruzar compilar as ferramentas de um sistema BSD no estilo LFS, mas isso provavelmente levará uma eternidade. Não é tão simples como apenas compilar um novo kernel.