Se eu entendi corretamente, você deseja enviar entrada para um programa em execução dentro de uma sessão de tela. Você pode fazer isso com o comando stuff da tela. Use a opção -X da tela para executar um comando em uma sessão de tela sem anexá-lo.
screen -S sessionname -p windowname -X stuff 'command1
command2
'
Se você quiser ver a saída do programa, consulte os comandos hardcopy , log e logfile .