Você NÃO altera o código-fonte original, você envia um patch. Se for para o código-fonte, o patch deve quase certamente ir a montante.
Veja - link
Se você estiver empacotando para o Ubuntu, ALTAMENTE sugiro que leia as diretrizes de embalagem.
Veja a documentação do Debian ou do Ubuntu, este é um "início rápido"