Se o arquivo for chamado configure.ac,
fazer $> autoconf
Depende: M4, Automake
Se você não tiver certeza do que fazer,
tente $> cat readme
Eles devem significar que você usa "autoconf" para gerar um arquivo "configure" executável.
Então o pedido é:
$> autoconf
$> ./configure
$> make
$> make install