O Debian espera que você instale o ntp por conta própria se quiser sincronizar seu relógio. Praticamente tudo que você precisa fazer é apt-get install ntp
. A instalação padrão, sem nenhuma tarefa, é razoavelmente mínima.
Acredito que a tarefa de desktop do GNOME, pelo menos, irá instalá-lo por padrão (assim como muitos outros pacotes). Não tenho certeza se os outros desktops também.
Não existe nenhum outro método de sincronização de horário instalado & executando por padrão.