Seu ambiente de trabalho provavelmente tem um jeito, mas você não diz qual deles você está usando (se houver).
Se o seu driver de vídeo for compatível com a extensão XRandR , que é o método X.org padrão para gerenciar exibir resoluções e arranjos, você pode usar o utilitário de linha de comando xrandr . Eu acho que o driver NVidia proprietário ignora XRandR, então se você estiver usando, você terá que usar uma ferramenta NVidia dedicada.
Execute xrandr (sem argumento) para ver o arranjo do monitor (tela). Você verá linhas como estas:
DVI-0 connected 1600x1200+1600+0 (normal left inverted right x axis y axis) 408mm x 306mm
DVI-1 connected 1600x1200+0+0 (normal left inverted right x axis y axis) 408mm x 306mm
Este exemplo significa que tenho dois monitores chamados DVI-0 e DVI-1 , e DVI-1 está no canto superior esquerdo (posição +0+0 ) enquanto DVI-0 está à direita (posição +1600+0 ). Para trocá-los, eu correria
xrandr --output DVI-0 --left-of DVI-1