É uma convenção usada para manter nomes de arquivos exclusivos e para controlar a ordem na qual os scripts são executados. Em geral, os diretórios xx.d são verificados por algo que faz o equivalente moral de for file in /etc/grub.d/*; do ...
e os prefixos numéricos dão a isso uma ordenação diferente de alfabética. Pode haver padrões específicos de aplicativos para o que é 4x_foo
vs 9x_foo
, mas nada consistente em todos os diretórios xx.d.