Dependendo de como o arquivo original foi codificado, talvez não seja possível manter o tamanho do arquivo.
ffmpeg -i infile.avi youroutput.mp4
deve manter os tamanhos e taxas de quadros intactos ao criar um arquivo mp4.
ffmpeg -i infile.avi
lhe dará informações sobre o seu arquivo de entrada - o tamanho do quadro, os codecs usados, a taxa de bits, etc.
Você também pode jogar com as opções acodec
e vcodec
quando gerar sua saída. Lembre-se também que os arquivos mp4 e avi podem usar vários codecs e sua milhagem pode variar de acordo com o codec escolhido.