Depende.
Eu gosto do Virtualbox por causa de sua GUI - é simples, mas completo - e velocidade.
Mas eu também uso o kvm-qemu com libvirt, porque é mais rápido e mais configurável que o Virtualbox.
Eu não gosto de VMWare (Workstation) porque é comercial, de código fechado e muito pesado. Eu gosto apenas porque foi uma das primeiras empresas comerciais que suportaram o Linux, lançando o VMWare Workstation e Server nos anos 90.
Para virtualização existem muitos produtos no Linux, você escolhe o produto que você gosta.
X86: VMWare, qemu, kvm, bochs (slow but works well with older operating systems), pc emulator
PPC: PearPc: very slow, claims to emulate old ppc mac-os
Sparc: qemu, slow and with cpu at 100%, emulates old solaris version
Alpha: some commercial emulators, good speed
Itanium: none
Há também muitos emuladores para plataformas antigas e não mantidas, como basilisco, ovelha e muitos outros.