Você pode definir a senha de root do MySQL no seu arquivo de bootstrap adicionando os comandos debconf-set-selections antes de executar o apt-get install:
#!/usr/bin/env bash
debconf-set-selections <<< 'mysql-server mysql-server/root_password password MySuperPassword'
debconf-set-selections <<< 'mysql-server mysql-server/root_password_again password MySuperPassword'
apt-get update
apt-get install -y mysql-server
Eu presumo que isso funcione em qualquer sistema baseado no Debian. Eu uso todos os dias, caixa é construída de forma totalmente automática.