Embora eu não saiba por que uma falha (bad stick? imagem corrompida?), o usual suspeito de diferenças em sistemas de arquivos "identicamente" criados, sejam eles ISO9660 ou outros, é registros de data e hora , por exemplo para tempo de criação. Ou um rótulo de sistema de arquivos aleatório .
Se você quiser dados idênticos em ambos, dd
da boa imagem no outro stick e verifique suas somas de verificação (md5sum ou outro; qualquer um fará).
Ah, e a suposição do título da sua pergunta não é válida. Não é apenas um byte que difere. cmp
apenas informa a primeira que é diferente e, em seguida, sai.