Descobri que há dois buffers de área de transferência (o Ctrl-C / Ctrl-X / Ctrl-V e o de meio-clique), e o pacote FreeRDP (usado pelo Krdc) apenas percebe o primeiro. .
O pior é que o emulador de terminal que estou usando (Terminator, mas está usando o widget Terminal do Gnome) requer que eu use Shift-Ctrl-C para copiar algo no buffer relevante.
Pode ser que xrdp-sesman seja similarmente limitado pelos limites do protocolo RDP. Veja se a área de transferência Ctrl-C / Ctrl-X / Ctrl-V é a que funciona.
Desculpas por não ter uma resposta completamente definitiva, mas esperamos que ajude.