Essas informações estão documentadas na documentação do okular .
Como alxs mencionou, um método suportado por um tempo agora é salvar o documento PDF como um arquivo, o que cria um arquivo .okular . Salvar as anotações diretamente no PDF é bastante recente e, na documentação, essa opção só está disponível na versão 0.15. Com essa versão recente, usar Save As e salvar como PDF armazena as anotações também. Observe também que, conforme mencionado na documentação, isso também requer uma versão recente de poppler .
Um problema que você pode ter, no entanto, é que um documento salvo como um arquivo não pode ser salvo novamente como um pdf. Portanto, se você já fez suas anotações e deseja usar uma versão mais recente de okular para salvá-las no PDF, pode ser complicado. Se você acabou de atualizar sua versão do okular, isso pode funcionar, pois usará a mesma pasta ~/.kde/share/apps/okular/docdata . No entanto, se você quiser usar uma versão mais recente do okular em outro sistema, deverá transferir o PDF e o arquivo de metadados correspondente separadamente.