Como as distribuições do Linux são principalmente OpenSource, há uma grande transição já feita. A menos que você use um software proprietário (como o skype), você pode executar um sistema puro de 64 bits sem quaisquer desvantagens.
No entanto, a verdadeira diferença é que o IMHO é mais propenso vs. aberto do que unix vs. windows, pois normalmente é o software de código aberto que é portado primeiro (alguns voluntários precisam recompilar algo - talvez corrigir alguns problemas de compilação) - ou na maioria dos casos não portado em tudo, mas apenas recompilado;) - e propertary que é portado por último.
Possivelmente, além disso, no Linux, você tem repos para que a instalação seja gerenciada automaticamente - você não precisa escolher a versão de 64 bits ou de 32 bits (o sistema escolhe o seu automaticamente). No Windows, os programas são baixados e possuem versões separadas de 64 e 32 bits:
- Duplica o tamanho dos arquivos no servidor
- Requer que o usuário saiba sua versão. Ou até mesmo que eles diferem por algo
Eu acho que essa é a razão pela qual os binários do Windows são geralmente de 32 bits - é um tamanho único e nem todos foram para a versão de 64 bits.