Eu não tenho o Chrome instalado, apenas o Chromium, mas espero que eles não sejam muito diferentes para que isso funcione. Quando escolho "Não perguntar novamente", o Chromiom armazena a seguinte configuração no meu arquivo ~/.config/chromium/Profile 1/Preferences
:
{
"alternate_error_pages": {
"enabled": false
},
"apps": {
"shortcuts_have_been_created": true
},
"autofill": {
"negative_upload_rate": 1.0,
"positive_upload_rate": 1.0
},
"bookmark_bar": {
"show_on_all_tabs": true
},
"bookmark_editor": {
"expanded_nodes": [ "1" ]
},
"browser": {
"check_default_browser": false,
[...]
Você pode tentar adicionar manualmente essa configuração de check_default_browser
ao seu arquivo de preferências:)