Use meu programa Python 3 copy_journal.py nos arquivos de diário em /var/log/journal de qual você deseja remover entradas.
Por exemplo, para fazer uma cópia de system.journal sem entradas de log para NetworkManager.service :
$ journalctl --file=system.journal | wc
167 1934 18825
$ journalctl --file=system.journal | grep -v NetworkManager | wc
77 881 8421
$ python3 copy_journal.py --remove-unit=NetworkManager.service system.journal system-without-nm.journal
$ journalctl --file=system-without-nm.journal | wc
77 881 8421