Não, a segurança exige que apenas um aplicativo confiável tenha permissão de acesso à saída de outros aplicativos.
"No GNOME, você pode usar a ferramenta Screenshot (disponível na visão geral ou como tecla de atalho Printscreen ou como gnome-screenshot) para capturar uma captura de tela da área de trabalho inteira ou de uma janela específica."
Em seguida, use o gimp / krita / etc para obter a cor da imagem.