cp
não sabe sobre arquivos abertos. Portanto, se o primeiro usuário fizer o upload de um arquivo grande e o cronjob (ou qualquer outro processo) começar a copiar esse arquivo, ele só copiará tanto quanto já foi gravado. Você pode pensar sobre isso desta forma - cp
faz uma cópia do que está atualmente no disco, não importa se o arquivo está completo. Caso contrário, você não pode copiar arquivos de log, por exemplo.