As duas situações não são realmente as mesmas.
Quando você usa shutdown
da linha de comando, você reiniciará ou desligará qualquer computador com o qual tenha efetuado login a partir desse terminal. Pode ser o seu laptop ou pode ser um servidor remoto. Todos os usuários logados serão afetados, então são necessários privilégios de superusuário.
Quando você usa o menu de desligamento na barra de menus, o computador só irá desligar se nenhum outro usuário estiver logado . Se outros usuários estiverem logados, a opção de desligamento irá, na verdade, desconectá-lo. Os privilégios de superusuário não são necessários, pois você não pode afetar outros usuários.